< 利用Advanta Sample ID Panel对生物样本库中样本进行同源性鉴定和交叉污染分析的评估

生物样本资源是科学研究的基础。高质量的生物样品对生物医学研究研究结果起着极其重要的作用。生物样品通常在生物库中保存很长时间,保证生物样品的质量至关重要。


基于目前多数生物样本的质量标准,其质量评价往往从分子完整性和病理形态学的角度进行,如DNA浓度和纯度、DNA完整性、RNA完整性、苏木精-伊红染色玻片等。随着生物样本库中样本数量的急剧增加,会面临诸如运输和样本处理错误、样本标签问题,以及样本污等问题。所以,迫切需要一套可轻松评估样本遗传生物材料(例如 DNA)的身份信息和质量的系统,以便在收入及分发环节对样本进行鉴定和质控,以保持样本的一致性。


近日,来自上海芯超生物科技有限公司的研究团队在线发表研究成果,应用Standard BioTools微流控技术和Advanta™ Sample ID Genotyping Panel,对生物样本库样本的同源性、交叉污染、降解程度等方面进行研究,发现该系统可用于同源性鉴定和交叉污染分析,根据这些指标评估生物样本的质量,将有助于保持生物库的高可靠性和可信度。同时,该解决方案具有高通量、自动化、低成本的特点。此外,微流控芯片还具有开放性的特点,客户可根据需要定制个性化SNP位点进行质控和监测,方案易于整合到任何生物样本库的实验流程中。


目前DNA分子指纹图谱的传统方法是短串联重复序列(STR),相比STR,SNP分型具有显著的优势:1. 作为遗传标记,SNP比STR更为稳定;2.  SNP对DNA样本的要求更低,适应更多的特殊样本;3.  SNP的检测样本成本更低,且通量更高;4.  SNP检测位点的数量远高于STR(STR遗传标记可复合扩增15-20个位点,SNP遗传标记复合扩增50个以上的位点)。


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图 1. 分子样本鉴定(DNA 指纹图谱)能够特异性地识别每个样本,同时评估样本质量、遗传性别和预测种群,不受限于样本类型。


Standard BioTools 提供基于经典微流控技术的Advanta™ Sample ID Genotyping Panel, 该Panel含96个SNP,可以分析每个样本的 DNA 标志物,生成样本独特的、不可消除且不可转移的指纹图谱。SNP多态性结合微流控芯片可用于满足大样本通量和多个SNP分析的需求,并且具有简单、快速、可靠、低成本的特点。文中作者对这项技术很感兴趣,因此决定从同源性、交叉污染、降解程度等方面分析其作为样本质控的可行性。


本研究收集了62个人体样本,样本类型包含正常组织、癌组织、癌旁组织、全血、白细胞和其他类型。采用5对配对的癌及癌旁组织和5对配对的血液及组织进行同源性鉴定。每一对都来自同一个病人。准备两个样品进行混合以检测交叉污染。使用5个完整样品和5个可降解样品比较降解程度对SNP检测的影响。其余30个样本为随机样本。


包含NTC在内,客户共计测试96个样本,每个样本检测96个SNP,采用一张Juno 96.96芯片即可完成所有测试,整个运行时间(含手工操作)仅4小时,非常快速简便。样本浓度在7-200ng/ul之间,全部可直接上芯片进行检测,样本使用量低。


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图2. 从样本制备到数据分析的Advanta Sample ID实验流程。人工操作仅30分钟,96个样本的检测可在约4小时内完成。


对于生物样本的同源性鉴定,发现以相似性评分cutoff 0.8620,可以有效区分同源性和非同源性。在数据分析中(表1),我们发现配对的癌与癌旁组织的同源性与配对的血液与组织的同源性相似。


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表1.  同源性样本的相似性评分


生物样品的交叉污染是一个公认的问题,在该研究中,作者制备了两组以一系列特殊比例混合的混合物来检测交叉污染。从表2可以看出,随着亲本含量的增加,相似度得分越来越高。


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表2.  样本交叉污染的检测


按照这个趋势,污染可以被识别出来。在STD8:STD6混合集中,Sample ID Panel能检测出5%(26.9%的浓度)的污染(表2)。在jj3:1-P混合集中,Sample ID面板能检测出jj3中1%(*14.3%的浓度)的污染,1-P中80%(*20.0%的浓度)的污染(表2)。通过观察,很容易发现灵敏度依赖于样品特性和混合比例。建立交叉污染的识别标准是可行的,但需要更详细的测试。在未来的研究中,作者将分析更多不同样品类型和不同浓度比的样品,以确定交叉污染鉴定的灵敏度。


根据前面的分析和讨论,相似性评分可以用来区分非同源样品和污染样品。然而,仍有一个关键点需要提及。同源性鉴定和交叉污染分析的应用要求不同。在我们做同源性鉴定之前,我们必须知道所有的样品都是无污染的。在确定样品是否被污染时,需要将其与亲本样品进行比较。有必要确保在相似性计算中使用的亲本样品没有受到污染。因此,我们建议在所有原始样本进入生物库时进行SNP基因分型,并建立SNP基因分型数据库,以便及时检索和比较。


作者还测试了样品降解程度对SNP基因分型的影响。结果表明(表3),Sample ID Panel与最小DIN为1.9的降解样品兼容。这表明Advanta Sample ID Panel可以用于评估严重降解的样品(即福尔马林固定和石蜡包埋的组织,在基因组学方面具有广泛的应用优势)。因此,可以有效地将越来越多的回顾性样本利用起来。


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表3. 完整样本和降解样本SNP分型结果的比较


总体而言,Standard BioTools 提供的基于经典微流控技术的Advanta™ Sample ID Genotyping Panel,可用于同源性鉴定和交叉污染分析。通过同源性鉴定和交叉污染分析来评估生物样本的质量,将有助于保持生物库的高可靠性和可信度。


该方法为分子样本鉴定提供了高通量、自动化、低成本的解决方案。同时,微流控芯片还具有开放性的特点,客户可根据需要定制个性化SNP位点进行质控和监测,该方案易于整合到任何生物样本库的实验流程中。


参考文献:


Wang C, Hu Z, Zhang X, et al. Homology Identification and Cross-Contamination Analysis: A Method for Evaluating the Quality of Biological Samples Stored in a Biobank Using the Advanta Sample ID Genotyping Panel[J]. Biopreservation and Biobanking, 2023.


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